École Nationale Supérieure de
Techniques Avancées

Résumé

L’Analyse de Couplage Direct (ACD) est une méthode centrale de l’étude biostatistique des virus ARN. Dans le cas du virus SARS-COV-2, elle est utilisée pour détecter des corrélations entre sites et pour prédire leur mutabilité. Avec ce projet, nous proposons d’ajouter une strate d’informations à l’étude prédictive du SARS-CoV-2. La corrélation d’ordre trois peut ainsi être ajoutée aux modèles ACD existants pour identifier des sites sujets `a mutation et pour déterminer d’importants liens d’épistasie. Nous avons ainsi identifié des sites voisins dans la protéine enveloppe du SARS-CoV-2 avec une haute énergie épistatique ainsi que l’influence des propriétés chimiques des acides aminés sur les mutations au sein du virus. Cependant, l’ACD néglige l’histoire évolutive des séquences du SARS-CoV-2 et on peut ajouter des éléments de l’analyse phylogénétique à notre étude. Nous avons donc calculé une matrice de fréquence de substitution entre des paires d’acides aminés pour les domaines cruciaux au sein du virus et nous avons identifié l’apparition de nombreuses substitutions vers des acides aminés hydrophobes aliphatiques qui jouent un rôle central dans le procédé de repliement des protéines et ont été découverts comme accélérant le processus de liaison à ACE2 [1].