École Nationale Supérieure de
Techniques Avancées

Résumé

En tant qu'outils pour étudier l'évolution, les arbres phylogénétiques occupent une place importante en biologie. Construits à partir de séquences ADN, ils permettent de visualiser et de comprendre l'évolution hypothétique d'organismes, de gènes ou de souches de virus. Ainsi, analyser quelles parties des séquences (c'est-à-dire quels sites du génome) sont informatives pour construire le meilleur arbre phylogénétique serait utile : par exemple, ceci permettrait d'utiliser les séquences les plus pertinentes ou de supprimer les sites non informatifs an de réduire la longueur des séquences qui peut être importante. Dans ce projet nous voulons mettre en évidence les propriétés de ces sites informatifs (homoplasie, taux de mutation élevé ou bas...). Dans ce but, des simulations ont été réalisées pour simuler l'évolution le long d'un arbre phylogénétique et une fonction qui introduit un site homoplasique dans un arbre a été créé. Ces étapes précèdent des simulations d'arbres phylogénétiques construits à partir de séquences dans lesquelles des sites particuliers ont été enlevés. Ces simulations permettront d'identier, s'il en existe, les propriétés biologiques des sites informatifs.