École Nationale Supérieure de
Techniques Avancées

Résumé

Le but de la dynamique moléculaire est de simuler la trajectoire de systèmes molécu- laires microscopiques, ce qui impose une discrétisation en temps avec des pas de temps de l’ordre de la femtoseconde (10−15 s). Suite à l’implémentation d’un algorithme à pas de temps multiples dans le logiciel Tinker (séparation des forces rapides évaluées à chaque pas de temps et des forces lentes calculées tous les n pas de temps), ce rapport porte sur l’implémentation d’un nouvel algorithme faisant intervenir des processus à saut. L’idée n’est plus de calculer les forces lentes à pas de temps fixe, mais de les cal- culer avec une certaine probabilité à chaque pas de temps. Cette probabilité est choisie de sorte à s’affranchir du biais systématique causé par le pas de temps fixé dans les al- gorithmes à pas de temps multiples.